Παρά τη δραστική εξέλιξη της τεχνολογίας της μηχανικής διαλογής των απορριμμάτων κατά τα τελευταία χρόνια, μέχρι και σήμερα εμφανίζονται πολλά προβλήματα. Τα σημαντικότερο χαρακτηριστικό των απορριμμάτων που συμβάλλει στη δημιουργία των υπαρχτών δυσχερειών είναι το ότι αποτελούνται από ένα μεγάλο πλήθος διαφορετικών υλικών. Επιπρόσθετες δυσκολίες δημιουργούνται από τη διακύμανση της σύνθεσης των απορριμμάτων και από τις απαιτήσεις της αγοράς για τα ανακτώμενα προϊόντα. Επιπλέον η διαφορετική σύσταση των απορριμμάτων από χώρα σε χώρα, οι διαφορετικές κλιματολογικές συνθήκες και η σε διαφορετικό βαθμό και τρόπο οικονομική ανάπτυξη καθιστούν τη μεταφορά τεχνογνωσίας από το εξωτερικό από επισφαλή έως απαγορευτική. Οι έρευνες στους τομείς αυτούς ακόμη και σήμερα συνεχίζονται έντονα, με κύριο μέλημα την ποιοτική και ποσοτική βελτίωση της ανάκτησης των υλικών, αλλά και μέριμνα για τις περιβαλλοντικές επιπτώσεις. Έτσι αναφορικά με το compost τα σημαντικότερα προβλήματα εστιάζονται στη μεταφορά βαρέων μετάλλων στη μάζα του από τα απορρίμματα, όπως επίσης και στην περιεκτικότητά του σε πλαστικό και γυαλί. Επίσης αρνητικό γεγονός αποτελεί το υψηλό κόστος επένδυσης και λειτουργίας της μεθόδου, ενώ ειδικότερα για τη χώρα μας, και η εξελιγμένη τεχνολογία η οποία απαιτείται. Επομένως η επιλογή του τρόπου διαχείρισης των απορριμμάτων διαφέρει σε κάθε περίπτωση, μιας και εξαρτάται από τις συνθήκες της περιοχής, καθώς και από τη σύνθεση και το ενεργειακό περιεχόμενο των παραγόμενων απορριμμάτων, το οποίο μεταβάλλεται από περιοχή σε περιοχή. Για παράδειγμα, η σύσταση και το ενεργειακό περιεχόμενο των απορριμμάτων που παράγονται στις Βορειοευρωπαϊκές χώρες θεωρείται καταλληλότερο για επεξεργασία με τη μέθοδο της καύσης, από αυτών που παράγονται στις Μεσογειακές. Η καύση λοιπόν αποφεύγεται στις Μεσογειακές χώρες, λόγω της υψηλής περιεκτικότητας των απορριμμάτων των χωρών αυτών σε ζυμώσιμα υλικά. Πρωταρχικός στόχος λοιπόν θα πρέπει να είναι η μείωση των απορριμμάτων μέσω της ανακύκλωσης και της επαναχρησιμοποίησης των υλικών. Η επεξεργασία θα πρέπει να περιορίζεται στα αναπόφευκτα απορρίμματα. Επιπλέον στη σύγχρονη κοινωνία όπου ο ρυθμός εξάντλησης των φυσικών πόρων αυξάνεται συνεχώς, τα απορρίμματα μπορούν να παίξουν σημαντικό ρόλο στην παραγωγή ενέργειας. Με τη βοήθεια της τεχνολογίας μπορούμε πλέον να πάρουμε ενέργεια από κάτι που μέχρι πρότινος θεωρούσαμε άχρηστο.
